高森町は熊本県の最東端にあり、豊後・日向・肥後の3つの県境に接し、様々な資源や知識、技術の集まる土地として発展してきました。
町のシンボルは阿蘇五岳のひとつ根子岳で、標高1,408メートル（東峰）。尾根は鋸の刃のように東西に重なり、中央には巨大な天狗岩がそびえます。
その神秘的な姿から、根子岳にちなんだ神話や民話が多く残されています。

高森町は、神武天皇の皇孫である健磐龍命（たけいわたつのみこと）が、九州鎮護のため命を受けて下向して以来、代々その子孫である阿蘇氏一族が治めてきました。

戦国時代に入ると国内では兵乱が相次ぎ、天正14年（1586年）、薩摩の島津氏の侵攻に最後まで抵抗し続けた高森城が落城し、強大を誇った阿蘇氏も攻略され、豊臣秀吉の天下統一後はその家臣である佐々成政、加藤清正の領地となりました。

江戸時代は細川家の所領となり、その統治は明治初年にまで及びました。この細川藩政では各郡に郡代（郡奉行）が置かれ、本町は南郷郡代の管下となっています。郡は数区の手永に分割されており、本町管内は高森手永と野尻手永の支配下にありました。

明治22年、市町村制の施行により、1町13村の行政区画が統合されて、高森町、色見村、草部村、野尻村の1町3村になりました。

昭和28年、町村合併促進法が制定され、昭和30年4月、高森町、色見村、草部村が合併。続いて、昭和32年8月に野尻村が編入合併し、現在の高森町が誕生しました。